頭蓋咽頭腫の病理学的パターンは.球状.不規則.または拡張した成長を伴う結節状であり.明瞭に定義され.大きさと範囲に顕著な差があり.ほとんどが嚢胞性で多発性または部分的に嚢胞性であり.少数のものは充実性であり.少数の小さな嚢胞性空洞のみを含む。 嚢胞部分はしばしば実質の上に位置し.表面は滑らかで.厚さは様々.または半透明のように薄く.灰色または黄褐色の石灰化斑または石灰化斑が多発し.卵殻状に骨化していることもあり.嚢胞の内容物は変性および液化した上皮細胞の破片（ケラチン様物質）であり.嚢胞液は内部のコレステロール結晶を含む油状または金黄色の液体で.通常10～30ml.多くの症例では100mlに達する。 嚢胞液は油状または金黄色の液体で.内部のコレステロール結晶を含み.通常10～30mlであるが.多くの場合100ml以上になる。 頭蓋咽頭腫の実質部分は多くの場合.後方および下方に位置し.結節状で.石灰化の病巣を含み.時に緻密で硬く.しばしば頭蓋内の重要な血管.下垂体茎.視神経路および第3脳室前部に強固に癒着して圧迫する。 腫瘍はまた.脳組織のグリア反応性帯を引き起こして擬似包皮を形成することがあり.この包皮は時に視床下領域に乳頭状に突出することがあり.腫瘍の外科的引き込みの際に視床下領域に損傷を与える。 実質性腫瘍は鞍部または3脳室内に位置することが多く.嚢胞性腫瘍よりも小さい。 頭蓋咽頭腫の組織型は.エナメル質表皮型と扁平上皮型に分けられる。 前者は3層構造で.最外層は円柱状の立方表皮の層.中間層は多角形の扁平上皮様細胞の複合体.最内層はアストロサイトである。 後者は高分化した扁平上皮細胞からなり.ほとんどが充実性の腫瘍である。 小児ではほとんどがエナメル質表皮型であるが.成人ではそれぞれの型が全体の半分を占める。