頭蓋咽頭腫の好ましい治療法は.患者の状態が一般的に良好な場合に腫瘍を全摘出することである。 腫瘍が内頸動脈.視神経.その他の周辺組織と密接に癒着している場合や.腫瘍が視床下部に浸潤している場合は.たとえ腫瘍をほとんど切除しなかったとしても.満足のいく結果が得られないことがあります。 外科的アプローチとしては.下前頭アプローチ.翼状突起アプローチ.内板アプローチ.allosal間vaultアプローチや大脳皮質を介した外側脳室アプローチ.翼状洞アプローチ.複合アプローチなどさまざまな方法がある。 放射線療法は.原発腫瘍の亜全摘術および再発腫瘍の治療の効果的な補助と考えられている。 頭蓋咽頭腫は良性であり.放射線治療には固有の副作用があるため.ほとんどの医師は腫瘍全摘術を受けた患者にルーチンの放射線治療を推奨していない。 しかし.外科的残存腫瘍に対しては放射線療法を考慮すべきである。 従来の外部放射線治療の線量を管理するのは容易ではなく.放射線治療による脳損傷を回避または軽減しながら再発を抑制するのは困難である。 放射線治療の線量が55Gyを超えると.腫瘍の再発抑制効果に大きな改善が見られないばかりか.遅発性毒性反応の可能性が高くなる。 放射線治療を受けた小児の32～33％が学習能力の低下により特別な教育を受けなければならないことが文献で報告されている。 放射線治療のその他の合併症には.放射線誘発腫瘍形成（膠芽腫.肉腫.髄膜腫など）.放射線脳壊死.放射線血管閉塞.放射線血管炎症.視神経炎.痴呆.基底核下石灰化.視床下垂体機能障害.視床下部肥満などがある。