自然閉鎖は胎児期に起こる可能性があり.出生前に閉鎖しなかったものの76％は生後1年以内に閉鎖します。自然閉鎖は通常3歳以下の子供に多く.それ以上の子供や成人ではあまり起こりません。 膜や海綿体にある心室欠損は自然に閉鎖する可能性が高く.流出路や肺動脈弁付近.不整列な心室欠損では自然に閉鎖することは稀である。 小さな心室欠損は自然に閉鎖する可能性が高いが.10mm以上の膜状心室欠損や心不全の既往がある場合も.自然に閉鎖する可能性がある。 大きな心室欠損（肺動脈圧が体循環圧の50％を超えるような欠損）の自然閉鎖の確率は通常低いと思われます。