肥大型心筋症は元に戻すことはできないので、通常は症状の改善と合併症の軽減を目的とした薬物療法が行われる。
1.左室流出路閉塞の軽減：治療薬の第一選択はβ受容体拮抗薬である。 一般的にはメトプロロールなどが使用される。 これらは主に肥大型心筋症の症状を緩和するために使用される。 心原性ショックや徐脈のある患者には禁忌である。 疲労、四肢の冷感、腹痛などの副反応が存在する。
2.心房細動の治療：肥大型心筋症の一般的な不整脈は心房細動であり、アミオダロンで治療できる。 アミオダロンは心房性不整脈の治療に使用できる。 アレルギー、重症低血圧、甲状腺機能異常では禁忌である。 徐脈、味覚異常、光アレルギー反応などの副作用がある。
健康診断で肥大型心筋症が見つかった場合は、循環器専門医の監督下での治療が必要である。