食道閉鎖症の原因としては.子宮内圧の高さ.食道上皮の閉塞.食道への血液供給異常.局所組織の分化・成長異常などが考えられる。 食道と咽頭はともに前腸から派生したものである。 当初.腸の両側の外側に縦溝が現れ.そのため前腸管の内腔面の対応する場所に2本の縦隆起が現れた。 2本の縦溝が次第に深くなると.対応する縦隆起は次第に近づき.やがて収束して前腸を2つの管に分け.腹側が呼吸管.背側が食道となり.食道には2つの発生源があり.その上部と気管の上部はともに前腸の咽頭部分から派生した。 食道と気管の下部は前腸の胃部から発生する。 5～6週目には内胚葉層の上皮増殖により一時的に管腔が閉塞し.その後.柔組織内に多数の空胞が出現し.互いに融合して再び正式な管腔として出現する。空胞を持たない食道の一部や不完全な空胞は食道閉鎖症を形成する。