この病気の原因は不明ですが.多くの研究者は.免疫システムが重要な役割を果たしており.おそらくこの病気は免疫システムの遺伝的問題に起因していると考えています。 おそらく.ウイルスが体を刺激して活発な免疫反応を起こすのでしょう。免疫システムが.自分にとって異物であると誤って認識し.自分自身の組織にダメージを与えるプロセスが発生するのです。 また.免疫系に影響を与える何らかの極端な気分変動や身体的外傷が.多発性硬化症の引き金になることも示唆されています。 また.食事が原因である可能性も指摘されています。 北部にMSが多い理由として.焼いた肉や乳製品.飽和脂肪酸を多く含む食品を好むことを挙げる学者もいる。 MS患者は.すべての食品.特に飽和脂肪の筋肉の処理に重要な役割を果たす不飽和脂肪酸を吸収するために.通常よりも少なくすることができます。 その結果.体内の飽和脂肪酸が過剰になるのです。 このアンバランスを修正するために多くの治療食が考案され.いくつかの食事療法が成功しているが.まだ治療として使われたものはない（「栄養と食事」の項を参照）。 環境的な要因が原因ではないかと疑う学者もいる。 その要因として.鉱脈.農薬.ディーゼルエンジンの排気ガス.水道水に含まれる化学物質.化学溶剤.家庭用ガス.給湯器からのガス.一酸化炭素による汚染などが挙げられています。