甲状腺機能低下症は.甲状腺機能亢進症のヨード131治療だけでなく.他の治療（例えば.医療用薬剤.手術）でも起こる可能性がある。 かなりの数の甲状腺機能亢進症患者が治療を受けなかったとしても.将来甲状腺機能低下症が起こる可能性がある。 甲状腺機能低下症の出現は甲状腺機能亢進症が治る兆候であり.甲状腺機能低下症の発生を防ぐ有効な手段はないと考える学者もいる。 幸いなことに.甲状腺機能亢進症に比べれば.甲状腺機能低下症の治療は非常に簡単です。 通常.サイロキシンを服用することで改善されます。 この治療法では.サイロキシンを人工的に補充し.その結果.血液中の甲状腺ホルモンレベルが急速に正常に戻ります。 投与量は通常.甲状腺ホルモンとTSHレベルの血液検査の結果に応じて動的に調整され.甲状腺機能が正常に戻らないため.一生服用し続けなければならない患者もいる。 妥当な投与量であれば.通常.毒性の副作用は起こりません。