抗核抗体（ANA）はSLEで最も一般的な自己抗体で.陽性率は95-100％に達しますが.特異性は高くなく.SLEのスクリーニング自己抗体として使用することが可能です。 SLEの診断基準を満たした患者のうち.臨床的にANAが持続的に陰性である患者はごく一部であり.このグループはSLE患者の約2％を占め.SLEのサブタイプとして知られています。 これは.ANAの産生がないため.自己抗体が患部組織（皮膚や腎臓組織など）に結合しているため.あるいは循環する免疫複合体に潜んでいるため.副腎皮質刺激ホルモンや免疫抑制剤の使用のため.あるいは腎症の末期になり大量のタンパク質が尿中に排泄されると腎底膜の消耗が激しくなり.患者が低蛋白血症となるから.などであろう。 発熱.体重減少.関節痛.筋肉痛.レイノー現象.口腔内潰瘍.脱毛などの非特異的障害はANA陰性SLE患者ではANA陽性SLE患者と比較して有意差はなく.翼状紅斑と光線過敏症の発生率はやや高かったが有意差はなく.手足の紅斑の発生率はANA陽性SLE患者と比較して有意に高く.皮膚障害はANA陰性SLEの大きな特徴であった。 ANA陰性SLE患者の血清中では抗Ro/SSA抗体の陽性率が高く.抗Ro/SSA抗体が光線過敏症と密接に関係していることが多くの研究で示されており.ANA陰性患者を間接免疫蛍光法で検出する場合.抗SSA抗体および抗SSB抗体がSLEおよびSCLEの診断に重要であることが示唆されます。 ANA陰性SLE患者の血清中の抗dsDNA抗体および抗Sm抗体の陽性率が低いのは.ANA陰性SLE患者では腎臓および血液の障害の発生率が低いこと.およびほとんどが安静期であることに関連していると思われます。 全体としてANA陰性のSLE患者は.全身的なダメージが少なく.予後も良好です。 臨床的にSLEが疑われ.ANA検査が陰性の患者では.ANAスペクトルに含まれる他の標的抗原特異的自己抗体.例えば抗SSA/Ro抗体.抗SSB/La抗体.抗ribosomal P protein（rRNP）抗体.抗ヌクレオソーム抗体.抗dsDNA抗体などの検出に注意を払う必要がある。また.ループス・アンチコアグラント.抗カルジオリピン抗体.抗β 2GPI抗体.抗C1q抗体など。