原発性肝癌の治療は通常、外科手術を中心とした集学的治療、すなわち外科手術とそれに対応する化学療法、放射線療法、標的薬物療法を併用する統合治療が採用されるが、具体的な治療計画は腫瘍の病期によって異なる。 早期の肝細胞がんは通常、外科的切除や局所焼灼などの根治的治療法で治療される。 外科的介入が望ましく、手術前にCTやMRIで腫瘍の部位を決定することができ、一般に手術によって病変を完全に切除することで理想的な治療効果を得ることが可能である；第二に、ラジオ波焼灼手術も使用できる。 肝動脈塞栓化学療法、全身化学療法、分子標的治療などは主に中・進行肝癌に用いられ、生存期間を延長する役割を果たし、手術適応に変わる可能性さえある。 また、肝不全を合併した肝癌患者に対しては、緩和治療に加えて肝移植を選択することができるが、適応が必要であり、末期の肝癌に対しては、支持療法と対症療法しか行うことができない。 早期発見と早期治療が肝癌の予後を改善する最も重要な要素であり、標準化された治療が最良の治療効果を得る保証となる。