B型肝炎ウイルスは細胞内に侵入後.キャプシドを脱離して弛緩型DNA（rcDNA）を放出し.核内に入り.DNAポリムターゼの作用で正鎖がさらに伸長して共有結合型閉ループDNA（cccDNA）を形成する。 cccDNAは核内でプレゲノムRNAや各種ウイルスタンパク質の翻訳用mRNAを転写する際の鋳型となり.転写後の鋳型はそのまま核内に留まる。 B型慢性肝炎ウイルス感染後の血液中に検出されるウイルスの成分は.HBV DNA.HBeAg.HBsAgです。 これらの成分のうち.血液中のHBV DNA含有量は.細胞内ウイルスの複製や末梢血からのウイルスのクリアランス率に依存し.抗ウイルス療法中の細胞内ccdNAやウイルス感染細胞のクリアランス程度とは相関がないと言われています cccDNA量のレベルは.細胞内ウイルスの複製速度と末梢血クリアランスに依存する。 ウイルス感染細胞のクリアランスの程度は.血中HBeAg量の減少に反映されるが.HBVのプレC領域の変異により.HBeAgを産生しないウイルス株が生じることがあるので.血中HBeAg量は必ずしも肝臓や肝細胞のccCDNA量と並行しているわけではない。 この外膜タンパク質粒子は.ウイルス粒子の1000倍以上であり.HBV感染後の血清学的検査において最も重要な要素である。 (r=0.54.P=0.004）。