自己免疫性肝疾患による肝機能障害は通常、回復に半年以上かかるが、正確な期間は疾患の重症度と治療効果に関係する。
自己免疫性肝疾患は自己抗体障害、すなわち自己免疫的な要因によって肝障害が引き起こされる。 最も一般的なものは、自己免疫性肝炎、自己免疫性硬化性胆管炎、原発性胆汁性肝硬変などである。 このうち自己免疫性肝炎では、アミノトランスフェラーゼの上昇、トランスペプチダーゼの上昇、ホスファターゼの上昇が起こる。
肝臓に深刻な障害がなく、肝臓の形態や構造に明らかな損傷がなく、トランスアミナーゼ値が100U/L以下とあまり明らかな上昇がない場合、一般的には、積極的な肝臓保護薬によって、2週間程度で徐々に正常に戻すことができます。
しかし、自己免疫性肝疾患のダメージが効果的にコントロールされず、肝機能が低下し続け、トランスアミナーゼの値が200U/L以上に上昇している場合、正常化するまでの回復時間は比較的長く、半年以上かかることもあり、死ぬまで一生続くこともあります。