ウルソデオキシコール酸は一部の自己免疫性肝疾患に経口投与が可能であるが、肝機能の検出に注意する必要があり、副作用がある場合は使用を中止することが推奨される。 自己免疫性肝疾患には大きく分けて自己免疫性肝炎、原発性胆汁性胆管炎、原発性硬化性胆管炎の3種類がある。 原発性硬化性胆管炎と原発性胆汁性胆管炎はウルソデオキシコール酸で治療できる。 しかし、この薬は通常、自己免疫性肝炎にルーチンで使用されることはありません。 投薬期間中、アラニンアミノトランスフェラーゼ（AST）やアラニンアミノトランスフェラーゼ（ALT）などの肝機能マーカーを定期的に検査することが推奨されています。 耐え難い下痢、重篤な肝胆道系機能障害、蕁麻疹等の重篤な副作用が発現した場合は、本剤の使用を中止し、速やかに医師の診察を受けることが推奨される。 ウルソデオキシコール酸は、薬剤アレルギーを伴う自己免疫性肝疾患、急性胆嚢炎、胆道閉塞、頻回の胆道疝痛発作、胆嚢機能障害などには禁忌である。 ウルソデオキシコール酸は臨床医の監督下で使用する必要がある。