臨床的には.肛門瘻は一般に次の2つに分類される。単純肛門瘻：肛門の横の皮膚に1つだけ外部開口部があるものである。 1975年の第1回全国肛門懇話会では.肛門瘻の統一的な分類基準を設け.外括約筋の深部線を目印とし.この線より上を通る瘻孔を高位.この線より下を低位とすることにしました。 分類は.1.低単純瘻孔 深部外括約筋の下を通る瘻孔が1つだけで.内開口部が肛門洞付近にあるもの.2.低複合瘻孔 深層外括約筋の下を通り.外開口が2つ以上.あるいは管が2本以上あり.内開口が肛門洞にあるもの. 3.高単純瘻孔 管が1つだけで.深部外括約筋より上を通り.内開口が肛門洞にあるもの.4.高 2つ以上の外開口と分岐洞路を持つ複雑な肛門瘻で.その主管は深部外括約筋の上方を通り.1つ以上の内開口を持つ。 瘻孔は括約筋との関係により，1.粘膜下瘻孔，2.括約筋間瘻孔，3.括約筋越瘻孔，4.括約筋上瘻孔，5.括約筋外瘻孔に分類される．