瘻孔が自然に治癒することはほとんどなく.手術が主な治療法であり.治癒することも多いが.一定の再発率を伴う。 手術が適切でない場合は.通常.症状を軽減し.瘻孔が深く広がるのを防ぎ.その進展を抑制するための非外科的治療を行うことができます。 肛門瘻は.傍肛門膿瘍と同様に.肛門付近に発生すること.内肛門である肛門や直腸に固定した感染源があること.病変部が肛門括約筋内にありその拡張・収縮により膿の排出に影響があることなどが他の部位の感染症と異なる点である。 したがって.瘻孔や肛門傍膿瘍が一度発生すると.その重症度にかかわらず.自己治癒の可能性はなく.薬物療法は症状を緩和するだけで.臨床的には外科的（ワイヤー治療を含む）治療しかない。 瘻孔を手術以外の方法で治療しようとする試みは数多くあるが.いずれもはっきり言って失敗に終わっており.今のところ手術以外の方法で治す方法は見つかっていない。 肛門瘻は一般的に自然治癒が難しいため.早い段階で効果的な治療方法を選択する必要があり.専門家は肛門瘻手術がベストであると提案しています。