クローン病の臨床症状は多彩で特異性に乏しく.多くの検査が可能ですが.早期診断率は低く.手術前に確定診断されるのは28.2％.手術前の誤診率は69.4％と報告する文献もあります。 鑑別すべき主な疾患は.虫垂炎.腸間膜リンパ節炎.腹部結核.腸の悪性腫瘍.放射線腸炎.白血病.潰瘍性大腸炎.非顆粒腫性潰瘍性空腸・腸炎.虚血性腸症.アメーバ性腸炎.骨盤内炎症性疾患などである。 特に.腸結核.腸リンパ腫.クローン病との鑑別診断に重点を置くべきである。 前二者の疾患も臨床的に誤診されやすく.その治療法はクローン病とは相反するため.誤診・誤植は治療を遅らせるだけでなく.疾患を悪化させ.取り返しのつかない重大な結果を招くことがあります。 また.クローン病の患者さんでは.慢性的な栄養不良や免疫抑制剤による腸結核.慢性炎症と副作用による悪性リンパ腫を併発することもあります。 したがって.腸結核や腸リンパ腫は.クローン病の診断や治療において十分な注意を払わなければならない。 クローン病の患者はすべて.確定診断が下される前に結核のスクリーニング検査を定期的に受けるべきである。 臨床医による病気の判断に加えて.胸部X線写真と.ツベルクリン反応.結核菌ポリメラーゼ連鎖反応（TB-PCR）.結核菌感染T細胞スポットテスト（T-SPOTテスト）など.さまざまな臨床検査を実施する必要があります。 腸管リンパ腫とクローン病の鑑別は.内視鏡によるサンプリングや外科的に切除された検体の病理学的検査に大きく依存しており.免疫組織化学的染色により.確定的な病期診断と化学療法レジメンの開発に情報を提供することができます。 クローン病の最終的な診断は.慢性的な局所および斑状の炎症.不規則な陰窩巣.非乾酪性肉芽腫形成からなる病理検査なしには行えません。 しかし.内視鏡検体の量や範囲に制限があるため.典型的な病理検体が得られない場合が多く.病理所見は慢性炎症として報告するしかありません。