B型肝炎の抗ウイルス治療の効果には多くの要因があり.治療が標準化されているかどうかも重要な理由である。 従って：第一に.治療のタイミングを標準化すべきである。 B型肝炎ウイルスに感染したすべての人に.直ちに抗ウイルス治療が必要なわけではない。 慢性肝炎の活動性で.最近の血清アミノトランスフェラーゼ（ALT）が正常値の上限より2回以上高い人は.B型肝炎の抗ウイルス治療を実施するのに最適な時期であり.この部分の患者は.特別な理由がなければ.抗ウイルス治療を時間内に受けるべきである。 一般的に.この時期の抗ウイルス剤治療の効果は比較的低いので.当分の間抗ウイルス剤を必要とせず.定期的な経過観察を行うべきである。 しかし.過去にB型肝炎発作の既往歴がある場合.または現在も肝疾患に関連する徴候や症状がある場合.または臨床検査や画像診断の異常がある場合.特に40歳以上の高齢者でB型肝炎とその関連疾患の家族歴がある場合は.抗ウイルス剤治療を実施する最適な時期である。 しかし.B型肝炎発作の既往がある場合.肝疾患に関連する症状や徴候が残っている場合.その他の臨床検査や画像診断の異常がある場合.特に40歳以上でB型肝炎やその関連疾患の家族歴がある場合は.必要に応じて肝線維化指標.肝弾性（硬さ）測定.肝生検などのさらなる検査を受ける必要がある。 B型肝炎後の肝硬変患者については.抗ウイルス治療の「閾値」を下げるべきである。肝機能トランスアミナーゼの上昇の有無にかかわらず.B型肝炎ウイルスの複製が認められる限り.抗ウイルス治療を行うべきである。 第二に.薬剤の選択を標準化すべきである。現在.国内外で認められている抗B型肝炎ウイルス薬には2種類ある。一つは通常のインターフェロンとポリエチレングリコールインターフェロン（通称「長時間作用型インターフェロン」）を含むインターフェロンタイプ.もう一つはヌクレオシド（酸）類似体タイプで.国内では既存のラミブジン.アデホビル.エンテカビル.チビブジンの2種類6薬剤である。 これら6種類の薬剤は.抗ウイルス力.ウイルス複製阻害力.安全性.薬剤耐性発現率.価格など.それぞれ一長一短があり.患者の状態.感染期間.併存疾患の有無.年齢.あるいは性別.治療を受けられるかどうか（経済的条件も含む）などに応じて.合理的に選択する必要がある。 例えば.患者の年齢が若く.治療コンプライアンスが良好で.ウイルス量が少ない場合は.インターフェロン治療の方が良い結果が得られることが多く.逆に.B型肝炎後の肝硬変患者はインターフェロンを使用しないか.使用できず.効果が強く.長期適用で薬剤耐性の発生率が低いヌクレオシドアナログを使用するか.2種類のヌクレオシドアナログを併用する必要がある。