ケトジェニック食が発作の抑制と認知機能の改善に効果がない場合.ケトーシスが消失するまで.すべての食物摂取における脂肪と（タンパク質＋炭水化物）の比率を4：1から3：1.2：1へと徐々に減らしていく必要があります。効果があれば.ケトジェニック食は2-3年維持することができる。グルコースキャリアー欠損症.ピルビン酸脱水素酵素欠損症.結節性硬化症の患者においては.治療を延長する必要がある。
また.治療は有効であるが.以下の条件が発生した場合は中止すべきである：胃腸障害.特に急性膵炎の存在下で直ちに中止する；値が11.3mmol/Lを超える高トリグリセリド血症の存在下でケトジェニック食の処方を4：1～3：1～2に迅速に調節する。高値が続く場合はケトジェニックダイエットを中止する；低タンパク血症がある場合は.比率を変えずにタンパク質供給を調整する.すなわちタンパク質摂取量を増やし.炭水化物摂取量をさらに減らす；代謝性アシドーシスが持続するほか.心筋症や心筋収縮機能の低下がある場合は.ケトジェニックダイエットを中止する；などが挙げられる。