1956年.原発性肝がん患者と胎児の血清には.ガンマグロブリンやプレプロテクチンと同様に.腫瘍に対する肝臓の免疫力を測定する糖タンパク質の一種であるAFP（A Fetal Globulin）.略して「A Fetal Protein」という特殊な成分が共通して存在することが判明した。 AFPは.Cグロブリンやプレプロテインと同様.肝臓の腫瘍に対する免疫力を測定する糖タンパク質で.正常人の血清中にごく微量存在する。 AFPは胚性肝細胞や卵巣黄色芽細胞で産生されるタンパク質で.生後1週間で消失し.肝細胞ががん化するとこのタンパク質を合成する能力を獲得する（退行として知られる現象）。 また.新生肝細胞でも大量に産生される。 胎児期にAFPが果たす役割はまだよくわかっておらず.主に正常な妊娠を維持し.胚が母体に拒絶されないようにすることにあるのかもしれない。 1970年以前は.AFPは主に寒天拡散法で検出され.陽性率は低かったが（感度が不十分）.原発性肝細胞癌の診断には特異性が高かった。 現在.検出には酵素標識法.酵素電気泳動法.ラジオイムノアッセイが一般的に用いられている。 臨床データでは.慢性肝炎の約40％でAFPが上昇し.肝硬変の約60％でAFPが上昇し.肝癌患者の95％以上でAFPが上昇している。 このことは.肝疾患の重症度が高くなるにつれて.AFP上昇の割合も劇的に高くなることを示している。 AFPは原発性肝癌の診断に特異的な腫瘍マーカーであり.確定診断.早期診断.鑑別診断の機能を持つ。 原発性肝癌の早期診断には最も感度が高く.特異的な指標であり.癌の指標としてはAFPを超える精度はない。 原発性肝癌患者の血清中のAFPは健常人の数十倍から数万倍にもなる。 AFP陰性肝細胞癌のほか.AFPが20ug/L以下であれば.原発性肝細胞癌は基本的に否定できる。100ug/L以上300ug/L以下は経過観察し.AFPの動的変化を注意深く観察し.小さな肝細胞癌の可能性に注意する必要がある。AFPが400ug/L以上.または4週間持続し.200ug/L以上であれば.肝細胞癌の可能性が非常に高く.CTなどの画像検査をさらに行う必要がある。 AFP値を動的に観察することで.症状発現の8ヵ月以上前に肝細胞癌を発見することができ.他の偽陽性例と区別することができる。 AFPの値は腫瘍の大きさを反映し.値が上昇すれば病気の悪化を示唆する。 通常.肝細胞癌の外科的切除後.AFPは低下する（20ug/L以下に低下するはずである）が.あまり低下しない場合は切除が不完全であることを示唆し.腫瘍が縮小してAFPが上昇する場合は腫瘍の転移や広がりを示している。 腫瘍切除後にAFPが20ug/L以下に低下した人の予後は.AFPが正常値まで低下しなかった人に比べて有意に良好である。 胆管細胞癌.高分化型肝細胞癌.低分化型肝細胞癌.腫瘍壊死液化症はAFP陰性となることがあるが.これは高分化型肝細胞癌細胞はAFPをほとんど産生せず.低分化型肝細胞癌細胞もAFPを産生せず.AFPを合成するのは主に中分化型肝細胞癌細胞だからである。 対照的に.AFPは多くの非癌性肝疾患で上昇する。 つまり.AFPが低いからといって肝臓が癌でないとは限らず.AFPが高いからといって肝臓が癌であるとは限らない。 非癌性肝疾患では.AFP値は500ug/L以下がほとんどであり.一過性である。 一般に.ウイルス性肝炎患者の約10％でAFPが上昇し.慢性肝炎患者の20％〜40％でAFPが上昇し.劇症肝炎から回復した患者の85％でAFPが上昇し.AFPの上昇範囲は予後に重要な意味を持つ。 AFPの上昇が低い肝疾患患者.特に50〜400ug/Lの患者では.肝細胞癌を鑑別するために複数の動的検査を行う必要がある。 一般に.AFP値は急性肝疾患の改善とともに低下または正常値になり.肝硬変では低下または低値にとどまり.肝細胞癌では徐々に上昇する。 肝硬変の患者の中には.AFPが数千の値を長期間示すが.肝細胞癌の徴候が何年も見られない例もある。慢性肝炎や肝硬変の場合.AFPとALT（血清アラニンアミノトランスフェラーゼ）は同期的な関係を示し.その多くはl〜2ヶ月で病気の改善とともに低下する。 また.先天性疾患の診断において.羊水中のAFP値を検出する意義が注目されており.無脳症児の羊水中のAFP値は有意に上昇している。 先天性腎症や二分脊椎.水頭症.十二指腸・食道閉鎖症.腎変性症.子宮内胎児死亡症.子癇前症.双胎児出産なども同様に報告されている。 したがって.羊水中のAFP値を検出することは.特定の先天性疾患の出生前診断に役立つ。 血清AFPの上昇は奇形腫.精巣腫瘍.卵巣腫瘍でもみられる。