ほとんどの腸炎患者は積極的な治療によって完治することができるが、少数の患者は再発を繰り返すため完治が難しく、その具体的な状況は主に原因因子に左右される。
感染性腸炎はその原因によって感染性と非感染性に分けられ、感染性腸炎は細菌、ウイルス、真菌などの病原体によって引き起こされ、通常積極的な治療によって完治する。 非感染性腸炎の中には、免疫障害によって引き起こされるものもあり、治療後も再発しやすく、完治は難しい。
腸炎は治療が遅れると、腸閉塞や腸穿孔、癌化することもある。 生活上、夜更かしをせず、飲酒や喫煙を避け、時間に余裕を持って病院へ行き、積極的に医師と協力して治療することをお勧めする。