脊髄空洞症の原因によっては.通常手術が必要となる。 小脳扁桃ヘルニアに伴う脊髄空洞症は.通常.後頭蓋下摘出術.上頸椎椎弓切除術.硬膜移植置換術を含む後頭蓋窩の減圧術によって治療される。 近年開発された低侵襲手術では.小脳扁桃と脳幹の癒着を剥離したり.第4脳室中孔の閉塞を解除したりするなど.低侵襲の器具.小さな切開創（長さ約4～6cm）.小さな骨窓（大きさ2×3cm）を用いて.顕微鏡を用いながら硬膜内でさまざまな手術を行う。 手術中に周囲の重要な構造物を損傷する可能性が低く.手術のリスクが軽減される。 第4脳室からの流出が閉塞している場合は.流出口を拡大再建することができる。 腔が大きい場合は.液腔の直接減圧術が推奨されている。 膨張した腔の減圧術は一過性の症状緩和をもたらすかもしれないが.この手術の追加的利益は不明であり.術後に再発することもある。 キアリ奇形では.キャビテーション手術の前に水頭症を除去すべきである。結果は通常良好で.ほとんどの症例で神経障害を安定させ.回復させることができる。 神経症状の進行性の悪化や耐え難い痛みを引き起こす外傷後脊髄空洞症では.さまざまなタイプの髄内空洞のドレナージ.骨髄切開術.外科的脊髄ヘルニア形成術などの外科的管理が必要である。 根部痛や感覚障害は通常.手術後に改善できるが.痙縮に対する結果はあまり満足のいくものではない。 髄内腫瘍による脊髄空洞症の管理は.主に腫瘍の摘出が重要であり.嚢胞減圧術では一過性の緩和しか得られない。