結石が形成される理由は複雑で.個人的要因と環境的要因に大別される。
（A）個人的要因
1.代謝異常 尿路結石のほとんどは人体の代謝産物であり.結石の成分の違いは体内の対応する成分の代謝異常を反映することができます。 尿中の一般的な結石形成成分はカルシウム.シュウ酸.尿酸.シスチンなどである。 形成される結石は
(1) シュウ酸カルシウム結石：主に高カルシウム尿症.高シュウ酸尿症.高尿酸尿症.低尿酸尿症に伴う。
（2）リン酸カルシウム結石：主に尿のPH上昇によるアルカリ尿が原因。
（3）尿酸結石：主に尿のPH低下と酸性尿が原因。 一般的な原因は痛風。
（4）シスチン結石：シスチン尿症が唯一の原因。 主に酸性尿が原因。
2.局所的要因 泌尿器系の局所的要因による結石は.ほとんどが二次結石である。
（1）尿路感染症：感染症は尿のPH値を上昇させやすく.リン酸アンモニウムマグネシウムや炭酸アパタイトを形成しやすい。 この種の結石の形成は.アスペルギルス菌によって分解される一種の脱共役酵素に関連している。
（2）尿路閉塞：尿路閉塞により尿が濃縮され.結石形成物質が沈着して結石が形成される。 腎盂尿管接合部狭窄や前立腺肥大症などが代表的な疾患である。
（3）尿路異物：異物が核となって結石形成物質の沈着を誘引し.結石を形成することがある。
（2）環境要因
1.気候 高温多湿で.発汗や呼吸によって体内の水分が失われやすく.尿が濃縮されて結石ができやすい。 日照時間が長く.カルシウムの腸管吸収が増加し.尿カルシウムが増加し.結石を形成しやすい。
2.食事
(1)水分：尿量は1日1000ml以下.尿中の結晶形成の可能性が著しく増加し.尿量は500ml以下.結石形成の可能性が増加する。
（2）タンパク質：高タンパク食は高カルシウム尿症や高尿酸尿症を引き起こしやすい。
（3）カルシウム：カルシウムの過剰摂取は高カルシウム尿症を引き起こします。
（4）ビタミン：ビタミンAやビタミンB6が不足すると.シュウ酸カルシウム結石を発症する可能性が高くなります。
3.薬物
(1)グルココルチコイド：骨を脱灰し.高カルシウム尿症を引き起こす。
(2)ビタミン：ビタミンCやビタミンDを長期間摂取している人は結石になりやすい。
（3）スルホンアミド系薬剤：スルホンアミド系薬剤の中には.酸性尿中で不溶性のアセチル化合物結晶（薬剤結晶）を形成しやすいものや.それ自体が直接スルホンアミド結石を形成するものがある。