百日咳の漢方薬には、小青竜湯、参茸湯、参白芍湯、人参五味子湯などがあります。 小青竜湯は解表散寒（筋肉の表面の寒さを取り除く）、温肺解表（肺を温めて停滞している体液の移動を促す）の作用があり、発熱、頭や体の痛み、発汗不足、咳や喘鳴などを伴う風邪タイプの百日咳に用いられます。 参朮湯は辛涼解表薬で、散風清熱の作用があり、肺を促進して咳を鎮める。 黄色い痰を吐く、のどの痛み、のどの渇き、発熱、鼻づまりなどの症状を伴う風熱型の百日咳に用いる。 参白排膿湯は肺をきれいにして気を下げ、痰を解消して咳を止める作用があり、肺熱咳嗽を伴う百日咳の治療に用いる。 高麗人参とシザンドラのスープは主に、病気が長引き、気血の不足、寒熱の交換（体が熱く、同時に冷えている）が原因で起こる百日咳に用いられ、膿や血を吐くこともある。 これらのスープは医師の診断と指導の下で治療する必要があり、自己判断で服用してはならない。