ステージ4の肺扁平上皮がんは進行期とも呼ばれ、治療は放射線療法、化学療法、分子標的治療、免疫療法などが中心となります。
進行期肺扁平上皮癌の患者はすでに広範囲に転移・増殖しており、治療は主に生存期間の延長と患者のQOL（生活の質）の改善を目的とする。 患者の状態に応じて放射線治療、化学療法、その他の併用療法を採用し、状態を安定させる。遺伝子変異がある場合は、ゲフィチニブ、エルロチニブなどの分子標的薬も治療に使用できる。
肺がんの免疫療法で最もよく使われるペムブロリズマブなどの免疫チェックポイント阻害薬も一定の治療効果が得られるので、医師の処方に従って使用することが推奨される。
また、患者に強い痛みや栄養不良がある場合は対症療法が必要である。 疼痛に対してはオキシコドン徐放錠やモルヒネ徐放錠が必要であり、栄養不良の患者には正常な身体機能を維持するために点滴による栄養補給が必要である。