SLEの一般的な合併症としては、腎障害、呼吸器障害、心臓障害、神経障害、消化器症状、造血系異常などがあげられる。
1.腎病変：ほとんどの患者は経過中に腎病変を来し、主に腎炎やネフローゼ症候群として現れ、赤血球、白血球、蛋白、尿細管尿がみられ、腎生検でほぼすべてのSLEに腎病理学的変化があることが判明する。
2.呼吸器病変：胸膜炎はよくみられ、時に胸水貯留を伴い、そのほとんどが滲出液である。 また、間質性肺疾患を伴うこともあり、間質性有毛ガラス様変化や慢性間質性線維化を認めることもある。 活動後の息切れ、空咳、低酸素血症を伴うことが多い。
3.心病変：心膜炎が最も多く、主に乾燥性の線維性心膜炎であるが、収縮性心膜炎を起こすこともある。
4.神経病変：軽症では片頭痛、人格変化、記憶障害、軽度の認知障害のみで、重症では脳血管障害、昏睡、てんかん状態などが現れ、重症では死に至ることもある。
5.消化器症状：食欲不振、嚥下障害、悪心、嘔吐、腹痛、下痢、腹水、血便などがみられる。
6.造血系の異常：貧血が多く、多くは正常球性正常色素性貧血である。
SLEの患者さんは通常の病院のリウマチ・免疫科を受診し、医師の指示に従って標準的な診断と治療を受けることをお勧めする。