黄耆の果実は、気、消化、痰を動かし、食物の停滞や満腹感、胃や腹部の痛み、ヘルニア、痰咳、喘息などの症状を治療するために薬用として使用することができる。ただし、黄耆湯の治療効果には限界があり、薬の代わりにはならない。 医師の指示に従い、煎じ薬と併用することをお勧めする。
黄皮の果肉は苦味、辛味、酸味があり、やや温性で、気、消化、痰を動かす作用がある。
食滞による腹部膨満感、上腹部（胃・腹部）の痛み、ヘルニア痛（腹部などに隠れた痛み、しこりなどによるヘルニア）、咳喘息などによく用いられる。 長期間または大量に服用すべきでない。
黄耆の味は辛味、微苦味、微温性で、煎じると気を動かし、痛みを和らげ、解毒、消散する作用があり、クリニックでの内服の煎じ薬は、食滞胃痛、上腹部気滞痛、ヘルニア痛、睾丸痛、婦人の月経痛などの治療によく用いられる。
外用では、小児の頭部ただれ、ムカデ咬傷などに用いる。 気虚の人は服用禁止。
黄耆湯は薬の代用にはならないので、治療が必要な患者は医師の鑑別のもとで服用することをお勧めする。