大腸内視鏡は肛門鏡と結腸鏡に分けられ、肛門鏡は直腸のみを観察し、結腸鏡は直腸と結腸の両方を観察することができる。 肛門内視鏡と大腸内視鏡は長さによって分類され、肛門内視鏡は主に直腸、肛門管、S状結腸下端を観察することができ、その部位に病変があるかどうかを直接目で見て観察するために使用される。 一方、大腸内視鏡検査は、レンズを大腸の奥深くまで挿入し、回腸まで到達した後、カメラの直視下で回腸からゆっくりと後退し、回腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、S状結腸、直腸、肛門管を通過することにより、通過するすべての部位の検査をカバーすることができる。 健常者であれば定期的な検診が推奨されるが、大腸内視鏡検査は腸管ポリープの有無などを観察するためのオプションとして、医師の処方により実施される。