脳卒中急性期では脳出血を除外するためにCTが優先され，虚血性脳卒中では病態解明と治療計画立案のためにMRIを併用する。
脳卒中は虚血性脳卒中（脳梗塞）と出血性脳卒中（脳出血）に分けられ，それぞれ病態，生存期間，治療法が異なる。 CTは検査時間が格段に早いため，急性期発症時の診断や治療の鑑別に用いることができる。 しかし、CTは脳組織の描出能力に劣るため、病態を明らかにするためには脳の磁気共鳴画像法（MRI）を併用する必要があることが多い。
MRIは核磁気共鳴現象を利用した医療用画像診断装置の一種で、脳MRIは脳CTよりも鮮明な画像と高い軟部組織分解能により多くの情報を提供することができ、虚血病巣の検出、虚血性脳卒中患者の状態評価、医師の治療方針と予後の決定に重要な役割を果たす。
脳卒中が疑われる場合、医療専門家による評価と適切な検査が必要ですが、MRIは医師が病変を発見し、病変の大きさや種類を明らかにし、治療計画の確立を導くのに役立ちます。