ヘリコバクター・ピロリの培養は難しい。 ヘリコバクター・ピロリ菌はグラム陰性菌であり、第一に増殖条件が厳しく培養工程が複雑であること、第二に培養中に他の浮遊菌が繁殖しやすいこと、さらにこの菌の培養には優れた実験室条件と熟練した技術者が必要であることから、ヘリコバクター・ピロリ菌の培養は比較的困難である。 ピロリ菌の培養は非常に難しいため、臨床検査に使われることはほとんどなく、むしろ的確な治療の指針となる科学的研究に使われている。 例えば、ピロリ菌に感染している患者の中には、特殊な状態にあり、多くの治療に失敗している人もいるため、ピロリ菌を培養し、薬剤耐性試験（菌を培養し、試験管内で抗生物質を加えて、どの種類の抗生物質に感受性があるかを調べる）を行う必要がある。 ピロリ菌の培養は専門の医師と技師が行うので、患者さんは難しいかどうかを心配する必要はありませんが、必要であれば、患者さんは積極的に医師と協力して培養前の準備を行う必要があります。