非結核性抗酸菌性肺疾患の臨床診断は.1.臨床症状として.咳.痰.血痰.微熱.衰弱.あるいは明らかな症状はないが.咳.痰.高熱.悪寒.胸痛のみ.急性肺炎と同様.2.肺の画像変化.例えばCT検査で見つかった病変.3.病因検査.他の疾病と確実に除外してから行うことである。 NTM肺疾患の診断は.検体に外来性の汚染がないことを前提に.放射線画像診断や臨床所見と合わせて.以下のいずれかの条件を満たす場合に行われる：1回目.喀痰NTM培養で同一病原体陽性3回.2回目.喀痰NTM培養で同一病原体陽性2回.抗酸菌塗抹陽性1回.3回目.気管支肺胞洗浄液NTM培養陽性1回.4回目.肺胞洗浄液塗抹陽性2回 +以上.5番目は気管支肺組織生検のNTM培養陽性.6番目はNTMの変化に類似した肉芽腫.喀痰または気管支肺胞洗浄液を伴う肺生検のNTM培養陽性。 局所症状および全身症状を伴う肺外NTM疾患で.関連する検査で肺外組織および臓器病変が認められ.他の疾患が除外された場合。 肺外NTM症の診断には.検体に外来性の汚染がないことを条件に.病変部位の組織のNTM培養が陽性であれば十分である。
（注：あくまでも目安です。