頭蓋：
通常の検査はCT.MRIである。
外傷性脳損傷にはCTが望ましい。 軽度の脳梗塞や初期の脳梗塞はMRIが望ましく.脳内血腫はMRIで病期が判断できる。 脳腫瘍もCTよりMRIの方が鮮明である。
CTでは.石灰化や眼窩内異物.特に金属性異物の局在を明確に診断できます。
MRIは.黒色腫や網膜剥離などの出血性疾患の診断に有用である。
甲状腺
一般に超音波検査で解決できるが.困難な徴候がない限り.一般にCT.MRIは使用しない。
腹部
超音波検査が望ましいが.CT.MRIでは解決できない。
肝臓：血管腫の診断には.造影剤なしでMRIの方がCTより強い。
肝臓：血管腫の診断にはCTよりMRIの方が造影剤なしで強い。
腎臓：腎結石にはCTがよい。 骨盤静脈造影は腎機能を示すことができる。
膵臓：超音波検査では不良。 膵炎と膵癌は明瞭に示すことができる。
胸部：
CTが疑われる場合はプレーンフィルムを優先する。
疑わしい場合はMRI.骨破壊を見ない限り一般的にはCTではない。
軟部組織病変：
一般的にはMRI。
心臓：
弁膜症には超音波検査.冠動脈病変にはCTAまたは冠動脈造影が望ましい。
乳房：
X線マンモグラフィー.超音波.赤外線.MRIはすべて可.CTはほとんど意味なし
一般的に：
[運動系]：骨のX線単純撮影が望ましく.必要であればCTやMRIを行う。 骨転移が考えられる場合は.全身の骨スキャンが必要である。 軟部組織.腱.靭帯.半月板.腱板などについては.やはりMRIが望ましい
[呼吸器系]：通常.CTと組み合わせた単純撮影で十分である。 副鼻腔や副鼻腔はCTコロナルスキャンが直感的にわかりやすいと思います
[循環器系]：超音波検査が望ましいです。
[消化器系]：食道.胃.小腸.大腸は空気バリウム二重造影が望ましい。肝臓.胆汁.脾臓.膵臓.腎臓は超音波とCTが非常に良いが.超音波は安価で患者も受け入れやすく.高磁場強度のMRIも非常に良く.マルチパラメトリック.マルチディレクショナルなどがますます目立つ。
【神経系】：脳組織や脊髄はMRIが望ましい（必要に応じてMRI特殊撮影MRA.MRS.DWIなど）脳出血や外傷の患者にはCTが望ましい
【泌尿器系】：尿路結石は超音波とプレーンフィルムの両方で検出可能であり.尿路病変は実際の状況によりCTやMRI（MRUなどを含む）の方が複雑である
【生殖器系】：超音波が望ましい。 生殖器］：超音波検査が望ましい。 必要に応じてMRIとCTを併用する。