説明書によると、新生児は服用禁止となっているため、乳幼児は服用できない。 六神丸は清涼、解毒、抗炎症、鎮痛などの効能があり、医師の指導のもとで服用しなければならない。
六神丸は真珠粉、牛黄、麝香、蒼朮、蟾酥などを主成分とする。 咽喉の腐敗、咽喉の痛み、喉頭風咽癰、一重二重乳房蛾（西洋医学でいう扁桃炎にあたる）、小児熱腫、乳房癰（乳房の発赤、腫脹、疼痛、乳汁分泌が円滑でなく、最終的に化膿性疾患を形成する）、後髪、匿名腫毒などに用いられます。
六神丸は蟾酥を含み、その主成分は蟾酥毒素、蝦蟇毒素、蝦蟇アミン、アドレナリンなどである。蟾酥毒素は多量に摂取すると、骨髄系を抑制する作用もあり、患者は注意して使用すべきである。本剤は麝香を含み、運動選手は注意して使用すべきである。