柴胡加竜骨牡蛎湯はヘリコバクター・ピロリの治療には用いられない。 アレルギーのある人には禁忌である。 副作用は知られていない。 一般的にヘリコバクター・ピロリの治療には使用されず、ヘリコバクター・ピロリの除菌には4剤併用が選択されることが多く、具体的にはプロトンポンプ阻害剤＋ビスマス＋2種類の感受性の高い抗生物質、例えばエソメプラゾール＋コロイド状ビスマスペクチン＋アモキシシリン＋フラゾリドンなど、治療サイクルは10～14日間で、1ヶ月間薬剤を中止した後、薬剤を見直すが、具体的な薬剤の選択は医師の指示に従うべきである。 また、柴胡加竜骨牡蛎湯の使用中は、冷たいもの、脂っこいもの、消化の悪いものは避け、リラックスした気分を保ち、怒らないこと。 薬の具体的な使用は、専門医の指導を受けるべきである。