家の中でもぐさ（棒灸）を使用する場合、煙が濃すぎると咳や喉の不快感などの症状が出たり、もぐさの葉にアレルギーのある人は呼吸困難や皮膚の発疹に悩まされることがあります。
家の中でもぐさ棒を使用する場合、煙が濃すぎると煙を吸い込みすぎて咳や喉の違和感、呼吸困難などの症状が出ることがあるので、もぐさ棒を使用する際は、部屋の換気を確保するためにドアや窓を開けて、部屋の煙が濃くなりすぎないようにすることをおすすめします。
なお、もぐさ棒の主成分であるもぐさの葉は、もぐさの葉にアレルギーのある人が使用すると、使用後に呼吸困難、皮膚の赤みや腫れ、全身のかゆみなどのアレルギー症状が出ることがあるので、もぐさの葉にアレルギーのある人の使用は禁止されており、アレルギー体質の人は注意して使用する必要がある。
それ以外には、一般的に家の中でもぐさを適切に使用することに特別な危険はありません。 お灸が必要な場合は、医師の診断を受け、専門の医師に相談し、医師の指導のもとでお灸をしてください。