人によって薬に対する感受性や反応が異なるため、副作用の少ない抗うつ薬というものは存在しない。 臨床的な第一選択抗うつ薬には、主に選択的5-ヒドロキシトリプタミン再取り込み阻害薬、5-ヒドロキシトリプタミンおよびノルエピネフリン再取り込み阻害薬、ノルエピネフリンおよび特異的5-ヒドロキシトリプタミン作動性抗うつ薬が含まれる。
1.選択的5-ヒドロキシトリプタミン再取り込み阻害薬：うつ病の治療によく処方され、吐き気、嘔吐、下痢、便秘などの副作用を起こすことがある。 しかし、フルオキセチンやパロキセチンを代表とする薬剤では、その症状は軽度で短時間である。
2.5-ヒドロキシトリプタミンおよびノルエピネフリン再取り込み阻害薬：代表的な薬剤はデュロキセチン、ベンラファキシンなどで、さまざまな種類のうつ病によく効き、治療初期には消化管に副作用が現れますが、徐々に軽減していきます。
3.ノルエピネフリンと特異的な5-ヒドロキシトリプタミン系抗うつ薬：代表的な薬剤はミルタザピンで、あらゆる種類のうつ病に適し、二重再取り込み阻害薬である。 食欲増進、体重増加、眠気などの副作用が起こることがある。
うつ病患者は医師の指導のもとで薬を使用し、副作用を避けるために許可なく使用しないことが推奨される。