胃内視鏡検査の利点は、病変の発見や生検・治療などが実施しやすいことであり、欠点は、手術が難しく侵襲的であることである。
胃内視鏡検査は、被検者の消化管内に入り込み、人間の目のように直感的かつ明瞭に観察できるため、潰瘍、びらん、ポリープなどの消化管の微細な病変を的確に発見することができ、病変部から直接生検したり、出血点の止血、局所投薬、ポリープの切除など効果的な治療を行うことができます。
しかし、胃内視鏡検査には、操作が難しい、術者に専門的な技術力が要求されるなど、普及しにくいという欠点もある。 胃内視鏡検査は侵襲的な検査であり、ドライ・ヒーヴィング、腹痛、腹部膨満感などの不快症状に耐えられない患者もいる。
胃内視鏡検査は通常の病院で行われ、専門の医師によって操作され、必要に応じて治療されるべきである。