HBVはゲノム長約3.2kbの肝性DNAウイルスで.一部は2本鎖の環状DNAである。HBVは抵抗性であるが.65℃.10時間の煮沸.高圧蒸気によりHBVを不活性化できる。エチレンオキサイド.グルタルアルデヒド.パーオキシ酢酸.ヨードホルムもHBVに対する不活性化作用がある。 HBVが肝細胞に侵入した後.核内で2本鎖の環状HBV DNAの一部を利用して.負鎖のDNAを鋳型として正鎖を伸ばし.正鎖の裂け目部分を修復して共有結合閉ループDNA（cccDNA）を形成し.cccDNAを鋳型として長さの異なる複数のmRNAに転写し.プレゲノムRNAとしてHBVの各種抗原をコードしています（このmRNAの一部はHBVが持っている抗原をコードしています。(cccDNAは半減期が長く.体内から完全に除去することが困難である）。 HBVにはA-Iの9つの遺伝子型があり.中国ではC型とB型が優勢であることが判明しています。HBVの遺伝子型は.病気の進行やインターフェロンアルファセラピーの効果と関連しています。C遺伝子型感染者に比べ.B遺伝子型感染者はHBe抗原の血清学的変換が早く.慢性肝炎.肝硬変.原発性肝細胞癌への進行が少ないと言われています。