臭い糞の治療は、その病気の原因に応じて行う必要がある。 生理的な理由であれば、特別な治療は必要なく、生活と食事に注意するだけでよい。病理的な理由であれば、薬物療法（ビフィズス菌四倍菌錠、メサラジンなど）、あるいは手術を考慮する必要がある。
1.生理的な原因による治療：大根、玉ねぎ、肉などの摂取は便の臭いに変化をもたらしますが、通常は他の症状はありません。 食事構造の調整と規則正しい食生活に注意を払う必要がある。
2.病的な原因の治療：細菌のバランスが悪い場合、ビフィズス菌錠剤、乳酸菌錠剤などを検討します。潰瘍性大腸炎などの場合、メサラジン、サラゾスルホニルピリジンなどの薬を検討します。消化管障害などの場合、臭化ピバシジウム、トラメチンなどの薬を検討します。腸閉塞、腸重積などの病気の場合、外科治療や内視鏡治療を検討する必要があります。
臭い便は他の病気によって引き起こされることもありますので、医師に相談し、医師の指示に従って治療することをお勧めします。