閉塞性無精子症の治療には、一般的な治療、薬物療法、抗菌薬を用いた精巣小体再建手術などの手術がある。
精巣上体や精管に閉塞がある場合は、精巣小体再建手術を行って閉塞部位を特定し、閉塞部位を切除して残りの部分を再吻合することができる。 この手術は侵襲が少なく、通常陰嚢を3cm切開するだけで、回復も早く、再接続率は70～95％である。
術後はセフトリアキソンナトリウムやアモキシシリンなどの抗菌薬も処方通りに使用する。 同時に、喫煙や飲酒をやめ、運動に注意し、体力を高め、精子の質を向上させる。
閉塞性無精子症には、精巣内閉塞、精巣上体閉塞、精管閉塞、射精管閉塞のほか、精路遠位端の機能的閉塞がある。 閉塞性無精子症に罹患したら、閉塞のタイプを明らかにした後、できるだけ早く医師と協力して治療にあたるべきである。