慢性扁桃炎は慢性の炎症性疾患であり、通常は保存的薬物療法を長期にわたって行いますが、具体的な薬物の選択や効果は病態によって異なります。 治療にあたっては、医師の指示に従って経過を観察し、治療効果を把握し、投薬期間を決める必要があります。
この病気の患者さんは、のどが痛くて風邪をひきやすく、急性扁桃炎発作の既往歴があることが多いのですが、通常はあまり自覚症状がなく、咽頭の乾燥感、かゆみ、異物感、刺激性の咳などの軽い症状がみられることがあります。 扁桃陰窩にカゼ性腐敗物が貯留していたり、嫌気性菌感染が多かったりすると口臭が生じる。
扁桃腺が過大に肥大している小児患者では、呼吸困難、睡眠中のいびき、嚥下障害や言語共鳴障害が起こることがある。 全身性の反応は、陰窩膿栓の嚥下、消化管刺激、陰窩からの細菌や毒素の吸収によって引き起こされ、消化不良、頭痛、倦怠感、微熱を引き起こす。
慢性扁桃炎の保存的治療は抗菌薬に限定されるべきではなく、減感作作用のある細菌製剤の使用（溶連菌アレルゲンやワクチンによる減感作など）、プラセンタグロブリンや移行因子の注射などのさまざまな免疫増強薬など、免疫療法や抗アレルギー対策と組み合わせてもよい。
慢性扁桃炎を内服薬で治療する必要がある場合は、積極的に医師の指示を仰ぎ、医師の指示に従って内服薬の使用を調節する必要があり、自己判断で薬の種類や量を選択・調節することは勧められません。