軽度の異型胃過形成の場合は、病変の性質を明らかにし、病変の性質に応じた薬物治療、例えばオメプラゾールなどの酸抑制薬、ドンペリドンなどの胃力増強薬、必要であれば外科的治療が行われます。
胃の軽度異型過形成は前癌病変であるため、病変の性質を確認する必要があり、傍腫瘍性病変の軽度異型過形成なのか、単なる軽度異型過形成なのか、狭帯域内視鏡＋拡大内視鏡で確認することを勧め、単なる軽度異型過形成であれば、3ヶ月後に胃カメラを再検査することを勧め、傍腫瘍性病変や病変の隣の高悪性度腫瘍であれば、内視鏡的粘膜下層剥離術を行う。
軽度の異型胃過形成の場合は、症状の悪化を避けるため、積極的に医師の薬物療法に協力する必要があり、一般的にオメプラゾール、ラベプラゾール、モサプリド、ドンペリドンなどの胃酸分泌抑制薬や胃酸分泌促進薬を服用する必要がある。