多発性嚢胞腎は漢方でいう「腰痛」「蓄膿」「血尿」に属し、漢方における多発性嚢胞腎の治療には、一般的に脾を強めて腎を補い、利尿と滲湿（水の運行を促して湿を取り除くこと）を行い、清熱利湿、気の巡りを促して血を活性化することなどが含まれる。 漢方における多発性嚢胞腎の治療には、一般的に脾を強化し腎を補うこと、利水（水の運行を促進して湿を取り除くこと）、清熱利湿、気血の巡りを促進することなどが含まれる。
多発性嚢胞腎は、先天性の腎虚、腎精の喪失、腎気の不足が主な原因です。 腎気虚の場合、第一に気液の代謝が失調し、水湿が鬱滞する。第二に気血がスムーズに流れず、気滞や瘀血が生じる。 また、労働が多すぎて脾気、脾腎ともに傷害されている。
したがって、多嚢胞腎の中医学的治療は、エビデンスに基づいたものでなければならない。 脾腎の陽虚、湿血瘀滞、陽を温めて血行を活性化し、水の循環を促進する場合は、自生腎気湯＋補中益気湯、肝腎の陰虚、肝腎を養う場合は、麻棗地黄湯＋補中益気湯を処方する。
血の道が麻痺して閉塞しているものには、血瘀湯に加減した処方を用い、湿熱が溜まっているもの（湿邪と熱邪が体内に溜まっている）には、下焦の処方で熱を取り除き、湿邪を促し、八正散の処方に加減した処方を用い、湿熱が停滞しているもの（湿邪と熱邪が溜まって停滞を形成している）には、湿熱残散の処方で湿熱を取り除き、血瘀を活性化させる。
多発性嚢胞腎には満足できる治療法がないため、西洋医学の治療を基本に漢方薬を応用し、患者の生活の質を向上させることが推奨される。