前立腺摘除術の欠点は、合併症や後遺症を引き起こす可能性があることで、主に出血、尿路狭窄や排尿困難、性機能障害などがある。 ECT後に出血が起こることがありますが、これは医師の指導のもと薬物療法で止めることができますし、出血がひどい場合は止血のために再度手術が必要になることもあります。 尿路狭窄や排尿障害がECT後に起こることがあります。 尿路狭窄は狭窄部位の感染や狭窄の原因となる新たな病変が関係している可能性があり、排尿障害は不完全な手術治療が原因となっている可能性があります。 前立腺電気穿孔は、前立腺が大きすぎたり、括約筋の出血を繰り返したりすると、外科的切除の範囲が広がり、電気凝固止血の時間が長くなると、括約筋の損傷を引き起こし、失禁が生じ、その治療は困難であるが、発生率は低い。 前立腺の電気穿孔は、性機能の低下や逆射精（精液が排出されずに射精作用がある、排尿時に多量の泡が出る、尿が濁る）を引き起こすことがある。 前立腺電気穿孔術の前には、身体状態、前立腺の容積、症状、その他の身体疾患との関連で系統的な評価が必要であり、専門医による治療が必要で、術後に満足のいく結果が得られない可能性もある。