腸内環境の変化は、主に生理的なものと病的なものに分類されます。 生理的なものは、生活や食生活の変化によるものが一般的で、生活習慣の回復により治療が可能です。 病的変化とは、過敏性腸症候群、消化管炎症、消化管腫瘍などであり、一般的治療、薬物療法、手術などで症状を改善させます。
1.一般治療：食生活の変化や生活習慣の急激な変化が原因で便秘や下痢が起こっている場合は、不快な食事をやめ、通常の生活習慣に戻し、保温に注意することで症状が改善します。
2.薬物治療
(1)過敏性腸症候群：一般的な治療で正常に戻すことができる。回復できない場合は、ピバチリウム臭化物の内服で鎮痙、オメプラゾールの内服で胃腸を保護することができる。
(2)胃腸炎：一般的な治療を基本に、ノルフロキサシン、アジスロマイシンなどの抗生物質を内服し、オメプラゾールやラベプラゾールを内服して胃酸分泌を抑制する。
(3)消化器腫瘍：癌は遺伝的要因や特定の基礎疾患の進行によって発生し、化学療法薬や分子標的治療薬によって症状を改善することができる。胃癌には主にプラチナ製剤、パクリタキセル製剤などが使用され、腸癌には主にプラチナ製剤、イリノテカン製剤などが使用される。
3.外科的治療
胃潰瘍は迷走神経切開術と胃の大部分を切除する胃切除術、腸潰瘍は腸の一部を切除する腸切除術が一般的である。 消化管腫瘍は早期であれば外科的に切除できる。
急な便通の変化や長期にわたる便通の変化は、定期的に病院を受診して原因を突き止め、定期的な治療を受け、症状を長引かせないようにする。 薬は医師の指導のもとに使用する。