舌下腺嚢胞の初期段階では、水疱が口の底の部分に大きくなっているのが感じられることがあり、その大きさは小さいかもしれませんが、通常は他に目立った症状はありません。
舌下腺嚢胞の初期段階では、水疱は通常小さく、舌の下だけに感じられることがあり、舌の動きに影響を及ぼすことがありますが、痛みはありません。
舌下腺嚢胞の初期では、舌を持ち上げると、口底部の病変の表面粘膜はほとんどが薄い紫紺色をしており、触るとゆらぐような感覚があり、通常、舌下腺嚢胞の明らかな症状はありません。 しかし、舌下腺嚢胞が大きく、感染を伴う場合は、局所が赤く腫れ、嚢胞が大きいため舌の動きが制限されます。