COXは医学的にはシクロオキシゲナーゼと呼ばれ、体内でプロスタグランジンPGの合成に関与し、痛みや胃粘膜保護などに関係している。 シクロオキシゲナーゼの略称はCOXで、1型、2型など様々な型がある。 COX-1は胃粘膜の保護に関連するプロスタグランジンの合成に関与し、COX-2は炎症反応後の疼痛に関連するプロスタグランジンの合成に関与する。 臨床的には、シクロオキシゲナーゼの阻害によって鎮痛・抗炎症効果を発揮する薬剤があり、これらの薬剤はしばしば非ステロイド性抗炎症薬（NSAIDs）と呼ばれている。 臨床でよく使われるNSAIDはイブプロフェンで、COX-2を阻害することで抗炎症効果を発揮するが、COX-1も阻害するため、消化管出血や潰瘍を誘発する危険性がある。 消化性潰瘍などの疾患に対してイブプロフェンなどの医薬品が禁止されているのはこのためである。 技術の発展に伴い、セレコキシブなどの新しい非ステロイド性抗炎症薬の中には、COX-2のみを阻害することで副作用を軽減できるものもある。 上記の薬剤は、臨床医の監督下で使用する必要があり、無許可での使用は禁止されている。