がんに最も正確な指標はないが、検査機関や病院でより頻繁に適用される3つの指標があり、その主なものは、α-フェトプロテイン（AFP）、カルチノエムブリオン抗原、糖鎖抗原CA19-9であり、この3つの検査項目によって、臨床診断の助けとなる。
1.アルファフェトプロテイン（AFP）：肝細胞癌の診断に特異的なマーカーで、肝癌のスクリーニング、診断、治療効果の判定、再発予測に広く用いられている。
AFPが400ng/ml以上であることが肝癌の診断条件の一つである。 AFPが徐々に上昇し下降しない場合や、AFPが200ng/ml以上の状態が8週間続く場合は、画像診断や肝機能の変化と合わせて総合的に解析するか、動態観察する必要がある。
2.カルチノエムブリオニック抗原：主に胃がん、肺がんなどで用いられる。
3.CA19-9：CA19-9は消化器系の鋭敏な腫瘍マーカーであり、明らかな上昇は消化管腫瘍によくみられ、通常膵癌、結腸直腸癌、直腸癌でみられる。
しかし、上記の指標だけでは癌の診断を確定することはできず、画像診断や病理検査とさらに組み合わせて、明確な診断を下し、病気の原因を特定し、積極的に治療する必要がある。