転移のない消化管間葉系腫瘍患者の外科的完全切除後の5年生存率は50～60％である。 外科的完全切除が不可能な患者や転移を有する患者の5年生存率は35％未満であり、10年生存率は約17％にすぎない。
消化管間葉系腫瘍の予後は良好であり、患者の生存期間は腫瘍の悪性度、増殖部位、個人の体調など様々な因子に関連する。 治療としては、まず画像診断による術前評価を行い、遠隔転移がなく腫瘤を完全に切除できる場合は根治手術を行い、術後の病理病期に応じてイマチニブなどの分子標的治療を選択的に行う。
消化管間葉系腫瘍の患者は、腸の動きをスムーズに保つと同時に、前向きで楽観的な姿勢を保ち、医師の治療に協力する。 服薬は医師の指示に従い、食事は軽めにし、消化がよく残渣の少ないものを主食とし、食事の回数を減らすようにする。 不快な症状が出た場合は、早期に発見して治療し、症状を悪化させないようにする。