逆流性咽頭炎の治療は.一次治療：食事や生活習慣の改善＋制酸剤.二次治療：一次治療＋シメチジン.ラニチジン.ファモチジンなどのヒスタミンH2受容体拮抗剤.三次治療：ラップアップなどの逆流防止手術.オムプラゾール.エメプラゾール.ランソプラゾール.パントプラゾール.ラベプラゾールなどのPPI（proton pump inhibitor）療法があり.3段階があります。 詳細は以下の通りです。
一次治療：逆流防止療法（ART）。
A. 食生活の改善
1.就寝の3時間前から飲食を控える。
2.食後すぐの詰め込みすぎや安静は避けましょう。
3.揚げ物をしない.脂肪分の少ない食事。
4.コーヒー.紅茶.チョコレート.ミント.炭酸飲料は避けてください。
5.その他.カフェインを含む飲食物を避ける。
6.特に夜間の飲酒は控える。
7.病気の引き金になるような他の食品を避ける。
B. ライフスタイルの改善
1.ベッドの頭部を高くする。
2.体を締め付ける衣服やスカーフの着用は避けてください。
3.タバコをやめる。
C. 制酸剤溶液を1日4回（3食後と就寝時に大さじ1杯）経口投与する。
二次治療：薬物療法＋ART。
A. 上記一次治療＋BまたはC（下記）。
B. 初期治療：H2 受容体拮抗薬 1 日 2 回 C. 治療失敗時の追加治療：H2 受容体拮抗薬を 2 倍の 1 日 4 回に増量するか.プロトンポンプ阻害薬（PPI）を使用する。
三次治療：プロトンポンプ阻害薬または逆流防止手術。
A.上記の一次治療＋BまたはC（以下略）。
B. プロトンポンプ阻害薬1日2回（朝・夕）.初期治療6ヶ月.体重過多の患者には増量する。 (2ヶ月以上症状が改善されていること)。
C. 逆流防止手術（ファンドプレーション）。