セフィキシムはヘリコバクター・ピロリを殺す。 ピロリ菌感染後、ほとんどの場合、胃粘膜に活発な炎症が起こるが、約70％の人は明らかな症状を感じない。 しかし、胃がんは、特に感染の初期段階（表在性胃炎の段階）で、ピロリ菌を適時に除菌することによって予防することができる。 最新のエビデンスによると、現在のピロリ菌除菌プログラムでは、4剤併用療法、すなわち、酸抑制剤1剤＋ビスマス1剤＋抗生物質2剤の4剤併用療法、例えば、オメプラゾール＋クエン酸ビスマスカリウム＋メトロニダゾール＋アモキシシリンカプセルを推奨している。 この組み合わせは10～14日間の治療コースに使用され、cefiximeは日常的には推奨されない。 ピロリ菌陽性の場合は、適時に病院を受診し、定期的かつ標準的な治療を行い、薬剤中止後に再検討する必要がある。