肝性脳症患者では植物性タンパク質の補給が望ましく、その補給量は重症度によって異なる。 植物性蛋白は分岐鎖アミノ酸、非吸収性繊維が豊富で、腸内細菌による発酵や酸産生後のアンモニア排泄を促進することができる。 急性に発症した肝性脳症では、数日間は蛋白質を禁忌とし、1~2期の肝性脳症であれば1日20g未満に制限して病状の悪化を避ける。 覚醒から回復したら、蛋白質の摂取量を1日20gから徐々に増やし、1日あたり患者の体重1kgあたり1gとする（例えば、体重が60kgであれば、蛋白質の摂取量は1日60gとする）。 慢性肝性脳症の患者には、一般的に蛋白質の補給は必要ない。 これに加えて、適切な量のカロリー、各種ビタミン、血漿またはアルブミンを補給する必要がある。